Точное время возникновения Лебедоса неизвестно. Очевидно, поселение в этом месте существовало уже за тысячу лет до нашей эры. Согласно древнегреческим мифам, Лебедос был основан карийцами - народом, пришедшим не то с Крита, не то из центральной части современной Греции, не то с Балкан. По Гомеру, карийцы поддерживали Трою и поселились на берегу Эгейского моря после окончания многолетней войны между греками и троянцами.
Как и многие древние города региона, Лебедос некогда входит в так называемый Ионийский союз - политическое объдинение полисов Ионии, куда помимо него входили Эфес, Приена, Милет и ряд менее значительных городов, включая недалеко расположенный Колофон.
Лебедос никогда не имел большой значимости как порт в силу отсутствия удобной закрытой гавани, поэтому любые попытки конкуренции с более удачно расположенными Эфесом, Теосом и Приеной были заведомо обречены на провал; Лебедос никогда не претендовал и на военное или культурное лидерство в регионе, хотя был вполне успешен благодаря небольшой региональной торговле. Единственное, что выделяло его из других полисов, - это развитый культ бога Диониса, который широко распространился по берегам Эгейского моря в VII веке до нашей эры. Вот что пишет об этом Страбон в своем труде "География":
... Лебедос, в 120 стадиях от Колофона. Здесь — место для собраний и поселение всех «художников Диониса» в Ионии вплоть до Геллеспонта; на этом островке происходят ежегодные празднества и игры в честь Диониса.
Страбон указывает, что город располагался на полуострове, хотя сегодня руины Лебедоса находятся на полуострове. Причиной подобного несоответствия считается изменение береговой линии, произошедшее уже первом тысячелетии нашей эры. Современные размеры полуострова - 170 метров в длину при длине перешейка около 200 метров.
В VII-VI веке до нашей эры ионийские города переживали период расцвета, в частности, ионийцами был создан религиозный центр под названием Панионион, однако даже в ту пору Лебедос занимал крайне скромное место, обходясь даже без постоянной чеканки своих монет.
В районе 500 года Лебедос наряду с другими городами Ионии попадает под власть персов. Уже позже, в IV веке город входит в состав государства Александра Македонского, который в 334 году покорил половину территории современной Турции. После гибели великого завоевателя Лебедос отошел к Лисимаху, военному деятелю из числа приближенных Александра, который вел множество войн на территории Фракии и Малой Азии. Он даже пытался насильно переселить людей из Лебедоса в захваченный им Эфес в районе 290 г. до нашей эры. Этот исторический эпизод осветил в своем творчестве поэт Феникс из Колофона, живший в III веке до нашей эры:
Многим из смертных, Посидипп, богатства
Не приносят пользы; им следует лишь таким имуществом
Владеть, которым они могут разумно распорядиться...
Они не прислушиваются к разумным речам, которые
Сделали бы их души мудрее и научили распознавать добро
И справедливость. Разве, Посидипп, таким людям
Не удается владеть великолепными и дорогостоящими дворцами,
Тогда как сами они ни копейки не стоят?
И если хорошенько вдуматься, то очень справедливо сказать:
В голове у них одни только деревяшки да камни.
Впрочем, город не обезлюдел, и уже 30 лет спустя, после усиления династии Птолемеев, вместе с Эфесом вошел в состав эллинского Египта, получив новое название - Птолемес. Однако ко II веку вернулось прежнее название. С той поры до наших дней дошли с трудом идентифицируемые фрагменты зданий на полуострове. Акрополь Лебедоса, располагающийся на материковом холме, точной датировки не имеет.
В римские времена Лебедос продолжал существовать как незначительный торговый и религиозный центр. После того, как официальной религией империи стало христианство, в Лебедосе возник свой епископат; позже местные священники стали подчиняться духовенству из Эфеса. Среди епископов из Лебедоса наиболее известен Кириак (тезка святого Кириака, принявшего мученическую смерть в IV веке). Со времени раннего средневековья в Лебедосе сохранился фундамент небольшой церкви.
Крупных археологических раскопок на территории Лебедоса не проводилось. В настоящее время это места изредка посещаются туристами.
Недалеко от руин античного города находятся куда более молодые руины небольшого заброшенного отеля.
